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Nature Aging丨真邁SURFSeq 5000助力中科院營養(yǎng)與健康所揭示人體器官衰老“線粒體時鐘”
時間:
2025-06-04
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文章梗概

近日,中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所研究員李昕團隊在Nature Aging?(IF 17)上發(fā)表了題為“Mitochondrial clonal mosaicism encodes a biphasic molecular clock of aging”的研究成果。研究人員利用罕見變異識別技術(shù),對國際公開數(shù)據(jù)庫中11,802例線粒體轉(zhuǎn)錄組低頻變異數(shù)據(jù)(涵蓋838例個體的47種組織)進行深度提取,系統(tǒng)性繪制了人體組織特異性的線粒體突變圖譜,揭示了線粒體突變隨年齡增長而積累的“雙相”時鐘規(guī)律,并提出了線粒體通過兩種不同模式編碼器官衰老——增殖更新組織的隨機突變擴散與終末分化組織的確定性損傷熱點。本研究中涉及到8例睪丸組織的線粒體基因組測序由真邁生物SURFSeq 5000平臺完成,實現(xiàn)了對線粒體突變熱點的驗證。



背景介紹

線粒體通常被認為是遠古細菌與真核細胞共生演化而來,作為細胞的能量工廠,其基因組獨立。線粒體基因組通過母系遺傳,在每個細胞中以多拷貝形式存在,并在細胞間及身體不同部位間表現(xiàn)出廣泛的克隆多樣性(稱為異質(zhì)性)。這種克隆多樣性在人的一生中高度動態(tài)變化:突變克隆不斷產(chǎn)生,其豐度隨細胞分裂和線粒體更新(線粒體自噬、分裂與融合)而動態(tài)變化。此外,其突變率遠高于細胞核DNA,這些突變或與衰老疾病密切相關(guān)。



*以下為該研究成果解讀

成果解讀

健康個體組織中的動態(tài)線粒體克隆嵌合現(xiàn)象

研究團隊系統(tǒng)性分析了GTEx隊列中838名健康個體的47種組織的線粒體RNA揭示人體組織中線粒體克隆嵌合的動態(tài)模式。突變隨衰老持續(xù)累積,經(jīng)細胞增殖與線粒體更新(如自噬/分裂)驅(qū)動形成跨組織異質(zhì)性克隆結(jié)構(gòu)。5,376個變異位點完成克隆豐度量化,發(fā)現(xiàn)生殖系變異雖跨組織共享但異質(zhì)性水平受隨機漂變影響顯著波動,而體細胞突變多呈組織局限性:體細胞突變多局限于單組織,少數(shù)早期發(fā)育起源的突變可跨組織共享。盡管晚發(fā)體細胞突變通常豐度較低,但部分可隨時間積累至高豐度(個體甲狀腺中chrM_3392_G_A錯義突變達近100%異質(zhì)性)。致病突變(如Leber遺傳性視神經(jīng)病變相關(guān)chrM_11778_G_A)的組織特異性高,凸顯了克隆擴增的關(guān)鍵潛力及研究組織特異性克隆動態(tài)的重要性。


Nature Aging丨真邁生物助力中國科學(xué)院揭示人體器官衰老“線粒體時鐘”

1 線粒體突變的動態(tài)變化



年齡驅(qū)動組織特異性線粒體突變率

線粒體突變的累積速率在不同組織間差異顯著,形成了獨特的克隆動態(tài)。多數(shù)組織呈現(xiàn)體細胞突變的持續(xù)增加,其中肝臟的年均突變率最高(0.3個/年,圖2a,b)。此外,對47種組織的分析顯示,21種組織的突變數(shù)量與年齡呈顯著正相關(guān)(線性回歸β>0,P<0.001,圖2d),說明突變累積動態(tài)變化具有組織異質(zhì)性。


Nature Aging丨真邁生物助力中國科學(xué)院揭示人體器官衰老“線粒體時鐘”

2?線粒體突變在身體不同部位的年齡依賴性累積



散發(fā)性突變與熱點突變定義衰老特征標(biāo)志

不同組織的克隆動態(tài)差異主要源于兩種突變機制:脫氨化復(fù)制錯誤和氧化損傷。然而,它們的貢獻度差異顯著,導(dǎo)致各組織形成獨特的衰老特征標(biāo)志。復(fù)制錯誤主導(dǎo)的衰老以脫氨化特征性的 C>T 轉(zhuǎn)換為主,是年齡相關(guān)線粒體突變累積與克隆擴增的主要驅(qū)動因素,這些突變隨年齡增長顯著增加。而復(fù)制錯誤也具有組織分化的特征,可劃分為2個類別:1、散發(fā)性突變,隨機分布于全基因組,在高細胞更新組織(如胃腸道)主導(dǎo)突變累積;2、熱點突變,集中于有絲分裂后組織(心臟/腦/肌肉),可用于定義此類組織的衰老特征。研究團隊鑒定出22個突變熱點,呈現(xiàn)出顯著的年齡累積效應(yīng),可能是高能量代謝負擔(dān)與快速線粒體更新的累積效應(yīng)所致,同時疊加了線粒體DNA聚合酶γ在快速更新過程中因松弛復(fù)制導(dǎo)致的錯誤傾向。而松弛復(fù)制使單個線粒體DNA分子能夠獨立于細胞周期進行復(fù)制,因此這種機制在熱點突變的形成中尤為關(guān)鍵。鑒于此類累積預(yù)期會以確定性模式發(fā)生(與個體無關(guān)),研究團隊通過對8例人類睪丸組織樣本的線粒體基因組進行靶向深度測序(基于SURFSeq 5000測序平臺,平均覆蓋度>10,000×),進一步驗證了這些熱點位點的異質(zhì)性隨年齡增長而增加(圖3)。

Nature Aging丨真邁生物助力中國科學(xué)院揭示人體器官衰老“線粒體時鐘”

3?基于靶向的線粒體基因組測序?qū)δ挲g相關(guān)突變熱點的驗證結(jié)果


線粒體突變累積具有“雙相”時鐘特性,即在不同組織/器官中計時模式不一。比如:在皮膚和消化道等組織中,需要不斷更新細胞,就加速積累廣譜且有害的線粒體突變,且細胞分裂驅(qū)動如C>T突變等脫氨基錯誤通過克隆擴增而形成“隨機突變擴散”,這些突變就可以作為上述組織或器官在衰老過程中發(fā)生功能障礙與腫瘤風(fēng)險的“計時器”;而在心臟、大腦等組織中,細胞不再分裂更新,突變主要集中在特定“熱點”區(qū)域,如線粒體更替在DNA聚合酶γ結(jié)合位點等區(qū)域形成“確定性損傷熱點”,突變密度與器官能量需求相關(guān),是這些器官因長期負擔(dān)造成功能衰退的“磨損”記錄。



結(jié)論

“線粒體時鐘”的“雙相”性,就像硬幣的兩面——增殖組織的“時間之熵”與代謝組織的“空間之損”,它們共同構(gòu)成衰老的全景圖譜。該研究同時解碼了隨機性和確定性衰老程序,為理解多器官異步衰老提供了新的時序觀。同時,該研究可評估多器官衰老狀態(tài),為開發(fā)針對特定組織的早期診斷和干預(yù)策略奠定基礎(chǔ)。



參考文獻

Wang, Z., Li, Z., Liu, H. et al. Mitochondrial clonal mosaicism encodes a biphasic molecular clock of aging. Nat Aging?(2025)

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